Štěrk – Volná hornina tvořená zaoblenými úlomky vzniklými v důsledku přirozené destrukce pevných hornin. Obecným pravidlem je, že štěrk se používá jako substrát pouze tehdy, když není možné použít jiný substrát. To je způsobeno jeho fyzikálními vlastnostmi, které jsou mnohem horší než nové pevné umělé substráty, jako je expandovaná hlína nebo perlit.
V hydroponii se používá křemíkový nebo křemenný štěrk, který neobsahuje uhličitan vápenatý. Přítomnost uhličitanů v něm vede k alkalizaci živného roztoku (do pH 8 a výše) a vysrážení fosforečnanů z roztoku ve formě sraženiny. Optimální velikost částic štěrku je 3-8 mm, kulatého tvaru, aby nedošlo k poškození kořenů. Při této velikosti částic je však vlhkost substrátu velmi nízká, a proto musí být neustále zaléván. Z tohoto důvodu se doporučuje přidávat do štěrku vermikulit.
Štěrk se doporučuje používat pouze v systémech s občasným zaplavením, kde je veškerá kořenová plsť zcela zaplavena vodou. Závažnou nevýhodou je hmotnost uvedeného substrátu. Jeho zdánlivá hustota je přibližně 1,5 g/cm.3… Výhodou je, že se poměrně snadno čistí mezi plodinami a lze jej mnohokrát znovu použít. Tato vlastnost učinila štěrk velmi oblíbeným substrátem pro akvaponické systémy.